宇宙世纪0079年(U.C. 0079)，地球联邦与追求自治权的吉翁公国展开了被后世称作“一年战争”的大战，自开战以来世界总人口的一半已经消失。从吉翁军对总部贾布罗的奇袭中艰难脱离的联邦军、被卷入战斗的阿姆罗和白色基地，逐渐重整军力并以吉翁地球侵攻军的根据地敖德萨为目标。在这过程中，为了得到补给而决定经由贝尔法斯特的白色基地，突然接到了打击无人岛“不归之岛”残敌的指令。展开调查后，白色基地遭遇了岛上潜伏的神秘孩子们和1架扎古。阿姆罗在战斗中失去了高达，眼前出现了一个名为「库库鲁斯·多安」的神秘男子......